Создание космодрома на береговой линии было обусловлено требованиями безопасности: если ракета взорвется при старте, падение ее обломков в воду не причинит ущерба людям. Однако теперь вода становится врагом космической программы: существованию стартовых площадок и комплексов угрожает стремительное повышение уровня Мирового океана. Известно об этом давно, но,
по словам сотрудника Управления стратегической инфраструктурой NASA Кима Туфектиса (Kim Toufectis), масштабы проблемы были недооценены.
В сентября 2004 года часть Космического центра была повреждена ураганом «Фрэнсис»: здание вертикальной сборки потеряло тысячу внешних панелей; разрушения также получили участки к югу и к востоку от здания. В октябре 2005 года инфраструктура Центра пострадала от урагана «Вильма». А после прохождения урагана «Сэнди» в 2012 году некоторые участки суши полностью исчезли под водой.