Микробиом московского метро оказался похож на нью-йоркский

На протяжении всей жизни мы постоянно окружены бактериями — помимо собственных, мы сталкиваемся с ними в воздухе, почве, воде и в наших домах. Некоторые из этих микроорганизмов могут быть вредными для человека, в то время как другие играют жизненно важную роль в регулировании иммунной системы.

С урбанизацией, охватывающей мир, ситуация меняется: люди по-прежнему окружены бактериями, но их разнообразие в настоящее время уменьшается, и наше взаимодействие с ними изменило характер.

Ученые из разных стран, объединившись в проекте MetaSUB, решили выяснить, как выглядит микробиота такой важной транспортной системы, как метрополитен. Исследователи начали с нью-йоркской подземки, а теперь изучили микробиом московского метро.

Традиционным методом исследования микробиоты, живущей на различных поверхностях, является культивирование. Ученые берут мазок с пола, стены или поручня и высаживают собранные бактерии на чашку Петри, где они активно размножаются, и их становится проще изучать.

Однако такой метод имеет существенный недостаток: не зная, какие бактерии собраны, ученым сложно заранее выбрать подходящую среду для их культивации. В проекте MetaSUB исследователи использовали в качестве метода определения микробиомы высокопроизводительное ДНК-секвенирование.

Анализ не выявил свидетельств наличия патогенов: из 10 болезнетворных бактерий, ДНК которых могла быть выявлена точно при использованной методике, достоверно не было найдено ни одной. Тем не менее, подчеркивают ученые, это вовсе не значит, что руки после поручня эскалатора можно не мыть — образцов было обработано немного, проба способна обнаруживать не все патогены и не чувствительна к вирусам, грибам и простейшим.

Как подчеркивают ученые, данное исследование московского метро — лишь пилотный проект, который показывает, насколько успешно можно применять ДНК-секвенирование для изучения микробиоты общественных пространств. Для более полного исследования бактериального разнообразия метрополитена нужно проанализировать сотни проб на каждой станции, включив все возможные типы поверхностей. Пока это слишком дорого, но в будущем может стать реальностью.

Узнайте, почему люди так и не научились мыть руки.